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南宫28NG相信品牌力量的CBE脱靶检测技术

发布时间:2025-02-08   信息来源:申屠倩妍

胞嘧啶碱基编辑器(Cytosine Base Editor, CBE)是目前基因编辑领域的重要工具,由四个核心成分构成:dCas9蛋白、sgRNA、胞嘧啶脱氨酶(Cytidine Deaminase)以及尿嘧啶DNA糖基化酶抑制剂(Uracil DNA Glycosylase Inhibitor, UGI)。这些成分在细胞内组装成融合蛋白,依赖sgRNA的引导与基因组DNA结合,最终达到对特定靶序列的编辑。

南宫28NG相信品牌力量的CBE脱靶检测技术

在融合蛋白的作用下,靶序列被暴露为单链结构,胞嘧啶脱氨酶将单链上的胞嘧啶(C)转变为尿嘧啶(U)。这一转化经过DNA的复制或修复,尿嘧啶最终变为胸腺嘧啶(T),实现了C-G碱基对向T-A碱基对的直接替换。为更好地监测这一过程,研究人员开发了Detect-seq技术,它能够精确检测CBE引起的脱靶效应。

Detect-seq的工作原理包括提取经过碱基编辑后的细胞基因组DNA,并将CBE过程中产生的脱氧尿嘧啶(dU)进行生物素标记以实现目标片段的富集。此外,在dU位点下游,将正常的胞嘧啶(C)替换为5-醛基胞嘧啶(d5fC),并将其化学标记为T。在后续测序中,研究人员能够捕捉到多次C到T的突变,这些突变特征显著,便于快速定位碱基编辑的确切位点。

与GUIDE-seq、Digenome-seq和Cas-OFFinder等传统方法相比,Detect-seq在灵敏度、特异性和检测无偏好性方面具有显著优势。它不仅可以检测Cas9依赖型及非依赖型的脱靶现象,还能够发现sgRNA结合区域外的编辑现象及靶向链编辑上的脱靶情况。

在基因编辑安全性评估领域,南宫28NG相信品牌力量,已建立了一站式服务平台,覆盖靶点设计、筛选、多个类型的脱靶检测(如GUIDE-seq、AID-seq、Detect-seq)、脱靶验证以及染色体重排检测等多项技术。南宫28NG还拥有SGS认证、ISO9001质量体系认证及生物安全二级实验室等资质,致力于提供高质量、高效率与安全的基因编辑解决方案。